プレイヤーは独立部隊として各地の戦場を転戦していく。
始めは連邦なら陸ＧＭ、ジオンなら旧ザクしか使えないが、
戦果をあげたり、新ＭＳのテストに協力することで新しいＭＳが支給される。
戦果をあげるほど高性能のＭＳが支給されるようになっている。
所持しているＭＳは毎ターンごとに耐久力が回復する。
回復の度合いはコストと反比例しており、安いＭＳは早く、高いＭＳは遅く回復する。
また、戦闘に使用されたＭＳはその損傷度にかかわらずある程度の損傷を被る。
その度合いはコストと比例しており、安いＭＳは損傷軽微、高いＭＳはそれだけ損傷が大きくなる。
戦闘において大破したＭＳはしばらく使用不能となる。
使用不能になる耐久力はコストと比例しており、安いＭＳはぎりぎりまで運用可能で、高いＭＳは半分を切るくらいで使用不能になる。
支給されるＭＳはその回を増す毎に性能がアップする。
それは☆の数で表され、最高で４つまでつく。
性能が上がると耐久力アップ、武器残弾数増加などの恩恵が受けられる。
下に示す攻略は便宜上番号がふられているが、必ずしもその順番にミッションをこなす必要はない。
ミッションの番号は以下の条件に基づいてふられている。
出現した順番
宇宙よりも地上を優先
順番は先のミッションから地理的に近い順
イベントミッションは後回し
ミッションには大別して3種類あり、それぞれ通常ミッション、イベントミッション、二者択一ミッションがある（呼称は便宜上のものであり、正式なものではない）。
イベントミッションは主にVERYHARDのミッションであり、それをクリアすると時代が進むものである。
これは飛ばすことはできず、必ずこなさなくてはならないミッションである。
逆にこれを先にクリアするといくつかの通常ミッションは飛ばすことが可能である。
次に二者択一ミッションだが、これは２つのミッションのうちどちらか片方を選択すると、もう一方は消えてしまうというもの。
これはゲーム中に明示されているわけではないので、初プレイ時は気づかずに過ぎてしまうだろう。
ここでの選択が後の展開に若干影響を及ぼす場合がある。
連邦ミッション表
ジオンミッション表