| 行動 | 操作 | 備考 |
| 歩行 | レバーを８方向のいずれかに入力 | 微妙な距離調整等 |
| ステップ | レバーを上下左右のいずれか同方向に素早く２回入力 | 敵弾の回避等 |
| ジャンプ | ジャンプボタンを押す | 単体ではあまり使われない |
| ブースト | ジャンプボタン押しっぱなし | 長距離移動等 |
| 空中ダッシュ | ジャンプ中にレバーを上下左右のいずれか同方向に素早く２回入力 | 高速移動方法として使用 |
| サーチ | サーチボタンを押す | 敵機の捕捉 |
| 射撃 | 射撃ボタンを押す | 攻撃の基本 |
| サブ射撃 | 射撃＋格闘ボタンを押す | 補助的攻撃 |
| 砲撃 | サーチボタンを押しつづける | 動作中は移動不可能 |
| 格闘 | 格闘ボタンを押す | ステップ中やジャンプ中で変化 |
| 特殊格闘 | 格闘＋ジャンプボタンを押す | 文字通り特殊な格闘 |
全てのＭＳはレバーで入力した方向に歩行することが可能。
これが移動の基本となる。
そして上下左右のいずれか同方向に素早く２回入力することでステップという行動を、これもまた全ＭＳが行える。
ステップは歩行より移動速度が速く、主な使用目的は敵弾の回避である。
ただし終了後に若干の隙があることと、前後左右４方向にしか移動できないという欠点がある。
ジャンプボタンを軽く叩くように一瞬押すことでジャンプを行う(これも全ＭＳ可能)
そしてジャンプボタンを押しつづけているとブーストジャンプという行動になる。
これはブーストを吹かすことで長時間空中に滞空できるジャンプだ。
ただしいつまでもできるわけではなく、ブーストジャンプを使用した瞬間に画面下に表示されるブーストゲージが切れると強制的に自由落下となる。
ブーストゲージの減り方はＭＳ差があり、重いＭＳほど速く減る傾向にある。
また、ブーストジャンプ中にステップの入力をすると空中ダッシュが可能となる。
空中ダッシュも最初は４方向にしかできないが、１度だしてしまえば８方向に移動可能。
これはブーストゲージが残っている限り何度でも可能で、断続的に空中ダッシュすることも可能である。
ただし、空中ダッシュを行うとブーストゲージの減りが早くなる。
特に何もしなくても自機に最も近い敵をロックオンしてくれるが、実戦においてこれだけでは確実に死を招く。
そこでサーチボタンの出番である。
サーチボタンを押すと現在ロックしていない方の敵機をロックする。
常に２ｏｎ２という本作は常に目の前の敵以外からも狙われる可能性があるということを示している。
フィールドに常に存在している２体の敵機を把握すること。
これがどれほど重要かは戦闘に慣れてくるほどに実感するはずだ。
射撃ボタンを押すことで各ＭＳそれぞれの遠距離武器を用いた攻撃を行う。
武器の種類、性能はさまざまで各ＭＳの特色が表れている。
射撃は通常の立ち状態以外からも可能で、歩き中、ステップ中、ジャンプ中、空中ダッシュ中などにも可能。
射撃ボタンと格闘ボタンを同時に押すことでサブ射撃と呼ばれる攻撃が可能。
攻撃内容は文字通り補助的な役割を持つ武器が多いが、ＭＳによってはこれがメインとなる。
これらの射撃、サブ射撃には弾数制限があるものが多く、ビーム系の武器は時間と共に徐々に回復、実弾系の武器は使いきると一定時間かけて完全回復となっている。
また、ガンキャノン、ガンタンク、ゾック、マゼラトップ砲装備のザクはサーチボタンを押しつづけることで砲撃という特殊な攻撃が可能。
その名の通り遠距離からの攻撃がメインとなるが、砲撃モード中は移動不可能なので使い所が難しい。
格闘は射撃よりも種類が豊富で、射撃以上にＭＳの特色が顕著に表れている。
基本となるのは通常の立ちor歩き状態で格闘ボタンを押したときに出る通常格闘である。
格闘は近距離用の攻撃であり、ダメージは射撃より高いが外した時の隙が尋常ではないという欠点がある。
通常時に格闘用の武器を携えていないＭＳは格闘ボタンを押した場合、武器を携帯するモーションの後に攻撃する。
ただし相手との距離が遠い時には携帯するだけで攻撃はしない、格闘準備モードになる。
このモード中はスムーズに格闘攻撃が繰り出せるが、代わりに射撃を出すまでに若干時間がかかる。
また格闘を素手で行うＭＳはこのモーション、及びモードは存在しない。
さらにガンタンク、ジオングには格闘攻撃が存在しない(格闘ボタンを押しても射撃系の攻撃がでる)。
格闘攻撃はボタンを連続で押すことで(ＭＳによるが)２回、３回と攻撃可能。
また、ほとんどのＭＳがステップ中に格闘を出すと技が変わる。
ジャンプ中に格闘ボタンを押すと空中からの格闘攻撃が繰りだせ、ＭＳ差こそあるがある程度相手をホーミングする。
ジャンプの着地にさらに格闘ボタンを押すと、やはり通常の立ち状態とは別の技がでる。
この技はジャンプ格闘を出さなくても、空ジャンプの着地に格闘ボタンを押すことでも出せる。
また、一部のＭＳは空中ダッシュ中格闘も通常とは異なる。
さらにジャンプボタンと格闘ボタンを同時に押すことで特殊格闘が出せる。
盾を装備しているキャラ、具体的にはガンダム、ＧＭ、グフ、ギャン、ゲルググはその盾で敵弾を防御することが可能。
ただしある程度防御すると盾が壊れるが、ギャンは絶対に壊れなく、その代わりに防御可能範囲が極端に狭い。
またゲルググは常に背中に背負っているので背後からの攻撃のみ防御可能。
ゲルググについてはサブ射撃であるナギナタ回転で防御することも可能。
ただしナギナタの合間を縫って敵弾が抜けてくる可能性はある。
ビーム系の攻撃は障害物以外を貫通する特性があり、敵機は勿論、味方や実弾系武器をも貫通していく。
ただし貫通した場合の攻撃力は半分に下がる。
ガンダム、旧ザク、ザク(シャア専用含む)はＭＳ選択後に武装選択を迫られる。
それぞれの武器に特徴があるので、好みや戦術で使い分けよう。
本作の特有のシステムでもあるコストに関しては別枠で解説する。
通常、ロックした敵に対して横や後ろ向きになっていると明後日の方向へ射撃してしまう(武器によって差あり)。
ただしガンダム、ゾックの２機はロックした敵が背後にいてもそのまま射撃が可能。
正式名称は不明だが、通称はＮＴ撃ち。
特にガンダムのそれはカッコイイのだが隙が膨大。
狙ってやるべきことではない。
連邦側に陸戦型ＧＭ、陸戦型ガンダム、ボールの新ＭＳが追加。
ジオン側ではシャア専用機各種のコストが上昇。
他、ＭＳ別の変更点はそれぞれの攻略ページに記載する。
また新たに衛星軌道１、衛星軌道２、サイド６宙域、ソロモン宙域、ア・バオア・クー宙域が追加された。
その他全体での変更点は、完全に連続技になっていなくても補正がかかるようになった。
前作で有効だったジャンプ格闘＞着地ビームの繰り返しでも補正がかかってしまう。
他に、砲撃が使いやすくなっていることが挙げられる。
目の前に障害物があってもそれをこえた角度で撃ってくれるようになり、物陰からの砲撃が有効となっている。
水陸両用機の水中での泳ぎがブースト消費となった。