「発音に忠実なのはヘボン式ローマ字であり、訓令式ローマ字などは五十音図に従うので発音に忠実でない」 という間違った話が一部で信じられているようである。
実は、新日本式ローマ字が発音に忠実なつづり方であることを、以下に説明する。
日本語のローマ字表記と発音との関係を学ぶものは、「i は口蓋化を伴う」と覚える必要がある。 それは、ni が [ni] ではなく [ɲi] であることから明らかであろう。
日本語の「シ」は口蓋化された [si], すなわち [ɕi] であって英語などの [ʃi] ではない。 ヘボン式は shi というつづり字で英語などの [ʃi] のオトを当てているので、発音に忠実でない。 ヘボン式の shi が発音に忠実とは、口蓋化された [si] と [ʃi] との区別のつかない人の言うことである。
ヘボン式は「子音字は英語のように、母音字はイタリア語のように」とだけ説明し、 イ段の口蓋化に触れない。これでは正しい日本語の発音にならないのである。