ウド編
第一話『終戦』
百年の長きに渡ってギルガメスとバララントの間で繰り広げられていた第三次銀河大戦。通称＜百年戦争＞の末期、装甲騎兵のキリコ＝キュービィは、とつぜん転属させられた部隊で内容も知らされぬ作戦に参加した。その目的地は小惑星リド。味方であるギルガメス連合軍の秘密基地である。
味方の奇襲にとまどう守備部隊を撃破し、金塊を強奪するその作戦は、おおよそまともなものとは思えなかった。まったく事情がわからぬまま戦っていたキリコは、棺桶のようにも見えるカプセルを発見する。ためらいつつも、開閉スイッチに触れるキリコ。すると、その中には蒼い光に包まれた裸体の美女がねむっていた。美女はゆっくりと目を開き、キリコを凝視する。思わずカプセルの蓋を閉めるキリコのもとに、上官のコニンが現れた。コニンはこのカプセルこそが求めていたものだと語り、キリコに偵察を命じる。しかし、それは仕組まれた陰謀であった。爆薬で吹き飛ばされるキリコのAT……。
キリコを救出したのは、味方の情報部であった。しかし、情報部のロッチナ大尉は、リドから失われた＜素体＞の情報を求めて、キリコを執拗に拷問する。ギルガメスの本星である惑星メルキアに連行された後も、キリコに対する苛烈な尋問は続いた。だが、ついに耐え抜いたキリコは、連絡機を奪って脱走に成功する。その日、人々の運命をくるわせた百年戦争は終結した。
第二話『ウド』
百年戦争の終戦から半年、キリコはウドの街に迷い込んでいた。しかし、軍による監視の目が途絶えたわけではなかった。キリコの身体には、衛星監視システムで追尾するためのビーコンが埋め込まれていたのである。
ウドは、キリコがこれまで馴染んできた戦場と同じく、地獄であった。街を支配する暴走族ブーン・ファミリーの人間狩りにあったキリコは、ジジリウムの採掘場で強制労働に駆り立てられる。ウドの街はかつて大規模コンピュータ工場が爆撃を受けた跡地のクレーターにできた階層都市であり、レアメタルであるジジリウムが埋もれているのだ。戦の汚れが染み込んだ毒性のある酸の雨が降りしきる中、キリコは不幸なウドの住民たちとともにジジリウムを掘り続ける。
ファミリーと手を組んで甘い汁を吸い続けてきた治安警察の署長が、癒着を断ち切ろうとブーンのもとを訪れる。署長の態度に怒りをあらわす暴走族たち。そんな時、囚人たちの暴動が発生した。巻き込まれた署長も惨殺され、ファミリーのアジトは大混乱となる。キリコも騒ぎに乗じて脱走するが、ファミリーの追手が執拗に迫る。だが、一発の銃弾がキリコに味方した。キリコの行方を追うことで素体に到達すると考える情報部が、彼の身辺を常に見張っていたのだ。かろうじてスクラップ置き場に逃げ込んだキリコは、破棄されたATのコクピットに安息の地を見いだすのであった……。
第三話『出会い』
スクラップ置き場に眠るATの中で目覚めたキリコ。その前に闇商人のブールーズ・ゴウトが現れた。ブーン・ファミリーの追跡から逃れたキリコの腕に目を付けたゴウトは、自分と手を組まないかともちかける。ゴウトの事務所にころがっていた、仕事にあぶれた浮浪少女のココナはゴウトに気を付けろと言いながら、キリコに関心を強く持っている様子だ。さらに、ゴウトのもとにやってきた同じ闇商人のバニラも、キリコに目を付ける。だが、キリコはスクラップのATを修理することしか考えていなかった。面子にかけて脱走者を一人残らず皆殺しにしようとするファミリーの追手を撃破し、街から脱出しようというのだ。
その頃、死んだ前任者に変わる新しい署長が治安警察に着任した。その男の名はギルアーム・イスクイ、リド襲撃作戦を指揮した元メルキア軍士官の一人である。キリコとも深い関わりを持つ秘密結社から送り込まれてきたイスクイは、ウドの支配権を独占するため、ファミリーとの対決を決意する。
ようやく、ゴウトらの力を借りてATの修理を終えたキリコは、ふたたび戦場に帰還しようとしていた。ゴーグルの放つ無機質な光は、ココナに戦慄を覚えさせる。ファミリーの武装集団の前に現れるキリコの機体。治安警察の介入もあり、あたりはキリコにとって懐かしい、炎と硝煙に包まれた戦場と化す。その片隅を走り抜ける一台のリムジン。その中にいる運命の人物のことを、キリコはまだ知らずにいた。
第四話『バトリング』
ブーン・ファミリーと治安警察を交えた三つ巴の戦いのなかで、紅蓮の炎のに包まれるキリコのAT。素体へつながる貴重な手がかり、キリコの異変を察知した情報部が送り込んだ一団が、消化液を浴びせていく。 かろうじて戻ってきたキリコに対し、ゴウトはバトリングの選手になるよう進める。バトリング、それは賭の対象として行うATの模擬戦闘である。闘技場に連れていかれたキリコであったが、殺気を持たず、馴れあった穏やかささえ放っている選手たちの姿に違和感を感じる。彼らとトラブルを起こしたキリコは、ボモーという男といきなり試合をすることになった。だが、ボモーに自分と代わるようせまる人物がいた。リド襲撃作戦の実戦部隊を指揮していた、コニン少尉である。コニンはキリコの出現を治安警察のイスクイ署長に報告すると、自らキリコを倒さんと、ATに乗り込んだ。
バトリングが開始される。だが、試合の内容は火器の使用制限さえ無しのリアルバトルに変更されていた。あせるゴウトの前で、キリコは躊躇することなく、戦いに挑む。しかし、試合巧者のコニンの前に、押されていくキリコ。その戦いの行方をロイヤルボックスの特別席から見つめる者がいた。ファンタム・レディーと呼ばれる謎の貴婦人である。彼女の見守る前で、キリコはかろうじてコニンを倒す。だが、イスクイの放った治安警察の部隊に放心状態のキリコはなすすべもなく、捕らわれてしまうのだった。
第五話『罠』
治安警察のなかに設けられた聴聞室。ここでキリコはイスクイと、秘密結社の幹部であるセルジュ・ボローから薬物の投与を受けていた。神の名を語るボローの尋問にもキリコの精神は屈しようとしない。
一方、コニンとの試合で確かめられたキリコの腕に未練を持つゴウト、バニラ、ココナは大胆にも治安警察本部ビルからの、キリコ奪還を目論んでいた。地下からヘビーレーザーを使って壁を焼ききり、三人組はまんまと治安警察を出し抜くことに成功する。
ゴウトの事務所でキリコの治療をしているところに、バトリングのマッチメーカーから電話がかかってきた。五千万ギルダンという法外なファイトマネーに唾を飲むゴウドたち。しかし、手ひどい尋問を受けたばかりのキリコがリアルバトルなどできるはずがない。ゴウトはしぶしぶ断ろうとしたが、キリコは承知した。この件の裏に秘密結社の存在を確信したのである。
やはり、指定の場所で待っていたのはイスクイとボローであった。彼らの不意打ちをやりすごしたキリコはATで反撃に転じる。しかし、秘密結社もATを繰り出してきた。敵ATの戦術に過去の記憶を刺激されるキリコ。敵の正体は、コニンやキリコの上官オリヤ大尉であったのだ。キリコはかろうじて、オリヤを追いつめるが、治安警察の攻撃に、オリヤの機体は爆発炎上してしまう。戦いのなか、またもキリコはファンタムレディーの乗るリムジンを目撃、ある胸騒ぎを感じていた……。
第六話『素体』
オリヤからリド襲撃事件の真相を聞き出すことができなかったキリコは、ゴウトらとともに、下水道にもぐって治安警察の攻撃の手から逃れた。追手をふりきってバニラのアジトにたどりつく一同。バニラは、キリコに治安警察に追われるわけをたずねるが、キリコ自身にもそれはわからなかった。
キリコはすべての謎をとくため、治安警察の隊員になりすまし、単身本部ビルに潜入した。署長室でイスクイに銃を向けるキリコ。イスクイは、すべてがわかる場所に案内する、という。二人はウドの郊外にあるジジリウム保管所へ向かったしかし、そこには警備隊がキリコを待ち受けていた。
一方、ジジリウムの保管所には一攫千金をもくろむゴウトたちも侵入していた。管制室のモニターで追われるキリコを発見した三人組はキリコに退路を指示する。なんとか合流した一同は、逃げ回るうちに施設に不似合いな調度の部屋にたどりついた。
部屋の中では、美女が異様な蒼い光を放つシャワーを浴びていた。キリコには、女にも光にも覚えがあった。そう、彼女こそが治安警察や秘密結社、メルキア軍とキリコを結び付ける素体であったのだ。素体はキリコに話しかけられると、身をひるがえして去っていった。ふたたび警備隊に発見されたため、逃げるのが精一杯のキリコたち。彼の脳裏は、よりふくれあがった素体に関する謎で占められていた。
第七話『襲撃』
ジジリウム保安所から脱出するキリコは、素体とウドの街で噂にささやかれるファンタムレディーが同一人物であることに気づく。すべての謎を解くために行動を開始したキリコは、怪しげなペットショップで購入したエウノイの毒で脅迫した治安警察隊員から、ジジリウムの運び出しの情報を得た。明朝5時、場所はウド市地上部のエアポート。
一方、メルキア軍の内部でも素体をめぐる状況が転じつつあった。最高執政官付き武官であるバッテンタイン中将は、素体によるパーフェクト・ソルジャー計画の成功をもって政治家に転身しようと考えていたのだ。バッテンタインは、腹心であるロッチナに素体の奪還をより強く命じる。
キリコはゴウトたちとともにジジリウム奪取の計画を練る。だが、ファミリーに捕まったココナが、解放してもらうかわりに運び出しの情報を漏らしてしまっていた。危険を感じて計画を中止しようとするゴウトとバニラ。だが、キリコだけはこれを絶好の機会と考えていた。
翌朝、やはりエアポートにファミリーが現れ、警備隊との間に激しい戦闘が展開される。そのドサクサにまぎれて、まんまとジジリウムを積んだ輸送車強奪に成功したキリコたち。その顛末を、今度もファンタムレディーが見つめていた。エアポートから脱出するキリコは、今度は彼女自身が乗り出してくるかもしれないと考えていた……。
第八話『取引』
莫大な量のジジリウムを前に狂喜するゴウトたち。だが、キリコは分け前を放棄して、アジトを後にした。三人組はキリコの分の分配をめぐって言い争いをはじめてしまう。
一方、ジジリウムを奪われた治安警察は、面子にかけてウドの街の周囲を完全に固めていた。その様子をうかがいながら、ロッチナはもうすぐ何かが始まるであろうことを感じていた。そして、キリコの行動は素体につながっていくことをも確信する。
興奮が覚めてきたゴウトたちは、貴重なジジリウムも換金できなければ、何の意味もないことに気づく。しかし、治安警察の厳重な包囲と監視を前に、売りさばくことも街から脱出することもできそうにない。そこで、ゴウトが思いついたのは、ジジリウムをもっとも必要にしている相手、すなわち治安警察そのものに対して取引を申し出ることだった。そのアイデアに賛成するキリコ。ゴウトはイスクイ相手に、三十億ギルダンで取引する約束を取り付けてきた。約束のコロシアム跡へ輸送車を乗り付けるゴウト。しかし、やはり治安警察にはまともな取引に応じる意志などなかった。隠れていた隊員たちが銃を手に姿を現す。だが、そこへキリコのATが乱入してきた。ゴウトたちはキリコの起こした混乱に乗じて金貨を手に脱出するが、キリコの機体の前に謎のATが立ちはだかる。
第九話『救出』
とつぜん出現した謎のATに、キリコは完膚なきまで打ちのめされた。金貨を奪われたとはいえ、キリコを倒したことにイスクイは満足する。治安警察本部へ連行されるキリコ。
一方、アジトに逃げ帰ったゴウトたちは三十億ギルダン分の金貨を前に、勝利の余韻を味わう。しかし、キリコをおきざりにしてきたことを聞かされ、ココナが激怒した。キリコの身を案じるココナ。そこへ、手配されていたゴウトたちの車を発見した治安警察のヘリがやってきた。なんとかそのヘリを奪うことに成功すると、その通信機からキリコの護送の報告が聞こえてきた。キリコを助けに行こうといきまくココナ。ゴウトとバニラは、その剣幕におされて、しぶしぶ承知した。三人は奪ったヘリで護送車を襲撃する。だが、あと一歩のところで、キリコ救出は果たせなかった。
キリコのことはあきらめようとするゴウトとバニラに、ココナはとんでもない作戦を主張する。ヘリから、三十億ギルダンの金貨をバラまこうというのだ。もちろん、納得できないゴウトたちだが、キリコを想うココナの気持ちには勝てなかった。ヤケになって、金貨をまく三人。街中の市民や治安警察の隊員たちも、金貨を拾うのに夢中だ。その隙に三人は無事キリコを助け出す。金貨を失った腹いせについ毒舌をたたくゴウトたちに対して、キリコは不器用に感謝の意を示すのだった……。
第十話『レッド・ショルダー』
ウドの街の深夜。束の間の休息をむさぼっていたキリコたちを目覚めさせたのは、燃えさかる業火の音と匂いであった。幾度となく、キリコたちにしてやられた治安警察が、ついに徹底的な掃討作戦に乗り出したのだ。絶対絶命の状況のなかで、ゴウトは戦争中に聞いたある伝説を思い出していた。どんな過酷な状況からも、味方の血肉をすすってでも必ず帰還するという特殊部隊レッドショルダーの伝説を……。
キリコは泣き叫ぶ三人を立ち上がらせ、穴を掘らせた。下層の天上部分に出た一同は、パイプをつたって隣のブロックに脱出することに成功した。バニラのアジトで無事くつろぐ一同。だが、キリコはイスクイとの対決を決意し、一人で立ち去っていった。
バトリング場に潜入したキリコは、ATの改造を始めた。いつしか、見かねてやってきたゴウトたちの手伝いもあって、改造は無事終了した。レッドショルダー仕様の機体にさらに箔をつけるため、肩を赤く塗るバニラ。キリコはそれを見て、微妙な違いを指摘した。レッドショルダーであったキリコの過去を知り、頼もしさを覚えるゴウトとバニラ。彼らには、キリコのレッドショルダーであった痛みはわからなかった。
そして、キリコの居場所を知った治安警察による攻撃が始まった。
第十一話『逆襲』
バトリング場を完全包囲した治安警察の部隊。その前に、赤く肩を塗った完全武装のATが姿を現した。レッドショルダーの伝説を思い出し、戦慄する隊員たち。部隊の総攻撃によりATは破壊されるが、それは無人操縦の囮であった。油断した部隊を撃破したキリコのATは、ウド市中央の治安警察ビルへ向けて、進撃を開始した。
ここに至って、イスクイとボローはファンタムレディーに出撃を命じる。だが、彼女はそれを拒否した。完全に意識操作されているはずのPSの反抗に驚愕した二人は、彼女のメモリーを調べた。それにより、彼女が誕生以前にキリコと出会っていた事実が発覚したのであった。
一方、キリコはATに装備した全武装を駆使し、次第に本部ビルへ接近しつつあった。途中、弾薬を使い切ると、ゴウトたちの用意した新しいATに乗換え、キリコの進撃は続く。ついに本部ビルに到達したキリコの前に立ちはだかったのは、ファンタムレディーのATブルーティッシュドッグだった。PSの驚異的な戦闘能力の前に、キリコは前回と同じように追いつめられ、気絶する。だが、それは演技であった。とどめが刺せずに近づいたファンタムレディーに銃をつきつけるキリコ。
ビルの中で、キリコとファンタムレディーは二人きりになった。キリコは彼女を縛っていたロープを断ち、会話を交わす。もはや、彼女が敵ではないことを、キリコも感じ取っていた。
第十二話『絆』
治安警察の部隊に包囲された本部ビルのなかで、ファンタムレディーは自分の想いを語る。この世に誕生して最初に見た光=キリコをずっと見つめていた、と……。
ファンタムレディーがキリコを倒せなかったことを悟ったイスクイは、キリコを倒すため、ウドの街における様々な特権を餌にバトリング選手たちを集めていた。腕ききの選手たちが束になれば、キリコとてたまらないはず。イスクイの思惑通り、選手たちは本部ビルの地下でキリコと彼に協力して戦うファンタムレディーを巧妙に追いつめていく。
その頃、ほぼ事態を完全に把握したロッチナは、バッテンタインに報告するとともに、増援を要請していた。
激闘のすえにバトリング選手たちを倒したキリコとファンタムレディーであったが、バズーガ砲をそろえた治安警察の隊員たちが奇襲をかけてきた。ATを破壊され、放り出されるファンタムレディー。キリコは思わず「フィアナ！」と叫びながら、彼女を助け出す。フィアナ……自分につけられた名前に喜ぶファンタムレディー。二人は、ともに地下鉄道をめざすが、脱出寸前に、治安警察の攻撃でキリコのATも破壊されてしまった。ファンタムレディー=フィアナも連れ戻されてしまう。キリコは救援に来たゴウトたちに助けられた。しかし、その頃、メルキア軍の部隊がウドに迫りつつあった。
第十三話『脱出』
メルキア軍事機構AT機甲兵団の降下部隊がウドの街に降る。次々と降下したAT部隊は、迅速な行動で治安警察本部ビルを包囲し、街の外周も封鎖した。部隊を指揮するロッチナはイスクイに投降を呼びかけるが、応答はない。狼狽するイスクイに、秘密結社の上位幹部であるキリイから徹底抗戦の指示が下されていたのである。
ついにAT部隊の突入が開始された。激烈な戦闘のなかで、イスクイは死亡した。だが、そこにボローとフィアナの姿はない。ロッチナは秘密結社と治安警察を結ぶ糸が切れたことを悟る。
一方、一度は脱出したキリコであったが、フィアナを取り戻すことを決意する。あまりにも危険な行動にあきれはてるゴウトたちであったが、キリコからリドやPSに関する事情を知らされ、つい協力してしまうのだった。
ボローはフィアナを連れて、ジジリウム保管庫へ逃亡していた。そこに秘密結社の援軍が来るのだ。ロッチナの部隊とキリコたちも後を追う。ついに保管庫でキリコはフィアナを見つけるが、彼女は同行を拒んだ。PSであるフィアナは、結社から逃れて生きることができないのだ。そこへついに結社のAT部隊が到着した。ロッチナの部隊との間に交わされる激しい戦闘のなか、キリコはフィアナと仲間たちを見失ってしまう。ウドの街は相次ぐ戦禍についに崩壊を始めた。炎のなか、キリコは一人さまよい続けるのだった。