レールのツラが合っていれば、問題無いです。

レイアウト製作というとフレキシブルレールを思い浮かべるかもしれませんが、
末端をファイントラックやユニトラックにするとなると、フレキシブルレールはどのように処理したらよいか・・・
という問題があります。
でも、実はそうでも無い問題点です。

入手しやすいNゲージ用のレールをメーカーで大きく分けると、TOMIX、KATO、篠原、PECOの4つ。
このうち篠原とPECOはフレキシブルレールです。KATOからもフレキシブルレールが出ていますね。
フレキシブルレールを敷くコルク道床はKATO製が入手し易く、これを使うのが良いと思います。

奥がKATOのレール、 手前がPECOのレール。 PECOからはPC枕木 （コンクリート枕木）タイプの レールがリリースされており、 幹線の表現には欠かせない。

篠原レールは使ったこと無いので割愛しますが、
ファイントラック・ユニトラック・PECOは意外と親和性が良いです。
（ただし、「ファイン」と呼ばれる、レールの高さも枕木の高さも低いフレキシブルレールも存在しますが、
　これは、他のレールとの親和性は低いです。しかも、フランジが高い車輪では走行できないこともあるようです）

実際に道床付きレールとフレキシブルレールと繋げてみましたので、みてみましょう。

ファイントラックとPECOレールの接合。 レールの高さはほぼ同じだが、 ファイントラックは道床が低めなので、 大きく高さ調整が必要。	ユニトラックとPECOレールの接合。 こちらもレールの高さはほぼ同じ。 ユニトラックの道床は若干低いので、 下に薄いプラ板を敷いて微調整。

要は道床を工夫すれば良い話ということです。
とは言っても、厳密にピッタリ合っている訳では無いので、多少の段差はヤスリで削る必要があります。

ユニトラックにKATOのフレキシブルレールとの相性は、勿論バッチリです。