問題
たとえばWINMODE.EXE(作業環境の切り替え実行ファイルです)の場合ですがパス自体の情報はレジストリに記録されているためパスを省略した状態で起動できるようになっています。
そのため特殊環境上の「ファイル名を指定して実行」においてWINMODE.EXEと入力し実行した場合は問題なく実行することができますが引数を指定した場合については実行することができません 。

原因
使用していた独自の関数に問題があったようです。

解決方法
独自の関数からWin32APIのCreateProcessを使用するように変更しました。
Ver.1.70.55b以降のバージョンを使用することでこの問題は解決します