問題
「自動的に隠す」機能を使用している状態で「スタートメニュー」を表示し、デスクトップ領域などをクリックしてキャンセルすると自動的に隠すが一時的に無効になる。

原因
できる限り「エクスプローラ」の動作と合わせるためにスタートメニューがポップアップしている際にはフラグをたててバー部分が自動的に隠れないようにしています。このフラグは「ファイル名を指定して実行」などの各種項目を実行することにより再度自動的に隠れるような動作にしています。
そのため、スタートメニューを表示している際にデスクトップ部分などをクリックしてキャンセルするとフラグが更新されないために常に表示された状態になってしまいます。

解決方法
現時点ではこの問題は修正されていません。
このような現象が現れた際には「ヘルプ」などを表示すると再度「自動的に隠す」機能が有効になります。