東宝マークの後、はるかな言い伝えがあるという説明が始まります。「ドン・クラーイ世界に金の矛と銀の盾があり、ドン・クラーイ世界が乱れた時それが失われ…」その後、龍とクワガタのような生き物が格闘をしている場面から始まります。大きさなどを考えても龍優勢は明らかで、クワガタは何やら剣のようなものを天空に投げて爆発してしまいました…。そしてオープニングは恒例の粘土アニメ、曲は本郷監督作品ですが今年もムトウユージ氏が手掛けた「ユルユルでDE-O!」でした。

オープニング明けはアクション仮面の戦闘です。アクションビームが敵に跳ね返される窮地に陥ったところに、北春日部博士の発明した新兵器・アクションソードが届きます。この新兵器でアクション仮面は勝利しました。もちろんテレビの前のしんのすけも興奮しています。その後、どういういきさつかはわかりませんが、しんのすけはおもちゃのアクションソードを買ってもらうのです。ウキウキして家に帰ってきますが、箱から出すとアクションソードが、なぜか竹製のものさしに変わってしまっていました。

その頃、ドン・クラーイという世界に住むキャラたちが話をしています。金の矛と銀の盾の伝説だとか、選ばれし者がどうだとか…その選ばれし者に扉を開けさせれば地球に移動できるようで、そうすれば地球を闇で支配できるとかなんとか…。

次の日、しんのすけは幼稚園の帰りにバスから降りたところで、捨て犬を発見します。その犬はシロにそっくりでしたが、色は真っ黒でした。そこでクロと名づけ、しんのすけが家に持って帰ってきます。みさえは2匹も飼うことはできないと反対しますが、ひろしが許可したのでシロとクロは2匹とも野原家で過ごすこととなります。

ところが、ある夜しんのすけは時計の鐘のような音を聞きます。その音が気になって目が覚め、のどが渇いたので台所に行きました。すると、夜中なのに廊下から明かりが差しこんでいます。しんのすけが廊下に出てみると、どうやら光は玄関の外から届いているようです。しんのすけは恐る恐る玄関ドアを開けると、そこにはピカソの絵的な不思議な世界が広がっていました。しんのすけは不思議な世界に引き込まれるように外へ飛び出していきます。

すると、突然鐘の音が響いたかと思うと細身で長身の男が目の前に現れました。名をマック・ラ・クラノスケ（以降マック）といい、世の中はお金が全てだと歌ったかと思うと「あれに選ばれたのか」としんのすけに聞いてきました。そして、契約書にサインすれば大量の札束が手に入ると迫るのですが…しんのすけはサインを拒否しました。マックは突然怒り出したため、しんのすけは急いで家に逃げ帰りました。すると不思議な世界も元に戻ったようです。

翌朝、しんのすけはマックの話を家族や幼稚園のみんなに話しますが、誰も本当の話と信じません。また日は流れますが、最近は暗いニュースが多いようです。年金問題、地球温暖化、疑惑大臣のあいまい答弁…。ひろしの通勤電車も携帯電話やヘッドホンステレオからの音漏れといったマナーに反する行為が目立っています。

そしてまた別の夜、しんのすけは再び玄関へ行ってみると、今度はきれいなおねいさん（名前はプリリン）が立っていました。どうやらレンタルビデオを返しに行きたいのでついてきてほしいという頼みごとがあるのだとか。きれいなおねいさんだったのでしんのすけはあっさりと了承、シロとクロの散歩も兼ねて、プリリンと一緒にレンタルビデオ屋へ向かいます。そして店の前に着くと、クロの様子がおかしくなります。しかししんのすけは、そのまま店の扉を開けました。すると眩しい光が辺りを包み、光が消えるとプリリンも店も姿を消してしまいました。

その後、しんのすけはトイレへと走っていきました。同じ頃、レンタルビデオ屋があった場所から四角い箱が飛び出し、野原家へと向かっていきました。その箱は野原家のトイレの前にやってきて、しんのすけに話しかけます。そして、箱は人に変身しました。マタ・タミ（以降マタ）と名乗る少年は、しんのすけがドン・クラーイとこの世界をつなぐ扉を開けてしまったと説明するのですが、しんのすけにはよく意味が分からないようです。と思っていたら、マタの姿が消えていきます。どうやら、マタは夜の間しか活動できない様子です。

再びドン・クラーイ世界へ場面は移ります。プリリンが、扉が開いたと説明しています。どうやら扉が開くと、それまでは影しか地球に行けなかったのが、実体が行けるようになったのだと…。そして、ドン・クラーイの意識が地球にも流れだしたとか…。

それからというもの、ひろしは課長への昇進話がダメになるしひまわりはやたらと泣き虫になるし、しんのすけのケツだけ星人を防衛隊からくだらないと言われたり…周辺がだんだん悪い方向へと変化していくようなのです。どうやら、これがドン・クラーイの意識が流れ込んできている影響のようです。

次の日の夜になります。すると、寝室に再びマックが現れました。しんのすけはひろしやみさえを起こそうとしますが、マックによれば周囲の時間の流れを遅くしたから、起きるのに2時間ほどはかかるとのことです。しんのすけは追い詰められますが、そこにマタが現れました。マタはしんのすけの手を引いて逃げ出そうとしますが、マックの魔法（ヘンジルという技だそうで）により空間を変化させられてしまいます。マタはこっちもヘンジルとのことで、しんのすけと協力して戦闘機に変身して逃走を図ります。しかし、マックも戦闘機に変身して追いかけてきました。マックは他にも数機の戦闘機を連れていましたが、マタが変身した戦闘機のほうがスピードでは劣っていても機動性で勝り、ついにはマックを撃墜しました。

しかし別の日、今度は野原一家が夕食中のことでした。来客があったようで、しんのすけが玄関に出ました。すると、そこにいたのはプリリンでした。しかし、しんのすけがプリリンを家の中に招き入れると、食事中だったひろし・みさえ・ひまわりの動きが止まっています。どうやら時間の流れを遅くされているようでした。それを見たプリリンは、しんのすけに耳打ちをしました。直後、マタが現れます。ところがしんのすけは、マタが時間の流れを遅くしている犯人だと言い出すのです。プリリンからそのように耳打ちされたようで、マタが否定してもしんのすけは信じず、プリリンと一緒に封印の呪文を唱えてしまいます。その結果、マタは下敷きの形に変えられて身動きできなくなってしまいました。

マタを封印したから、これで変なことも起きなくなると言い残してプリリンは去っていきました。しんのすけが部屋に戻ると、ゆっくりにされていた時間も元に戻っていました。その夜はプリリンが言っていたように変なことは起きず、翌朝を迎えます。ところが、朝のテレビで流れるニュースがまた妙にいい話ばかり、年金問題はすべて解決したし、アクション仮面は戦う敵がいなくなったと宣言するし、日本マナー法という法律が施行されて電車も平和になり、しかもひろしが突然重役に昇進だと…。

しかし、しんのすけは窓の一部にパズルのピースのような場所を見つけました。そこに触れると、あたりが急に暗くなってしまいました。やはり、ドン・クラーイの影響はまだ残っているようです。そこで野原一家緊急家族会議が開かれました。しんのすけがこれまでの話を説明し、結果プリリンが怪しいということで一致します。まずはマタを助け出したいというわけで、下敷きを持ち出してきました。マタが、呪文を逆に…とかすかにつぶやいたのでしんのすけが言われた通りにすると、マタは元の姿に戻りました。

さて、そこにまた変化が起きます。なぜか野原一家の姿がウサギとかネコといった着ぐるみのようになってしまいました。どうやらプリリンがヘンジル効果を使ったようで、プリリンがすぐに姿を現しました。プリリンは自らを車にヘンジて野原一家に襲いかかってきました。野原一家とマタもヘンジます。しかしヘンジた姿は車輪をみんなで漕がないと進まないような大きな三輪車でした（マッタ轟という名前がついているようです）。しかしマッタ轟はプリリンの車にも負けないスピードが出て、かなり苦戦しますが逃げているうちにプリリンが壁に激突して自爆してしまいました。化石燃料に頼る時代は終わり、これからはエコカーの時代だそうで…。

ただ、マタが言うにはまだラスボスのアセ・ダク・ダーク（以降ダーク）が残っていて、これを倒さなければいけないとのことです。そんな話をしていたら、野原家寝室周囲の空間が暗闇へと変化しました。ついにダークが現れます。ダークは野原一家に、私に従えと迫ってきました。野原一家は断固拒否しますが、怒ったダークはヘンジルによって巨大な龍に姿を変えて襲いかかってきました。野原一家とマタも団結してヘンジます。その姿はヒーロー野原メンXというもので、足は電車や新幹線に変化して高速移動ができ、翼も生えるので飛ぶこともできる…激しい応戦が続きます。みさえやひまわりもダークへの攻撃を加えますが、ついに野原メンXの最終兵器・はきっぱなしの靴下攻撃がダークにヒット、ダークは消滅しました。

ダークによってヘンジられた空間も元に戻り、これですべてが終わったとみんなが思います。ところが、喜んでいたらまたしてもひろし・みさえ・ひまわりの動きが止まっています。そして再び野原家寝室はヘンジられてしまいました。ダークはまだ消えてはいなかったのです。ダークはマタに魔法をかけ、マタを動けなくしてしまいました。頼れるマタもいなくなり、ついにしんのすけは追い詰められてしまいます。

もはやこれまで…というところに、突然クロが飛び込んできました。そして、クロがなんと盾に変身しました。これが、伝説の銀の盾・ギンギンなのだとのことです。この盾があれば、正面からならばダークの攻撃を完全に防いでくれるようです。しかし盾だけではダークを倒すことはできません。もう一つの伝説の武器である、金の矛が必要なのです。しかしギンギンが言うには、金の矛もすぐ近くにあるはずだとのことで…しんのすけはひらめきました。ダークにヘンジられた野原家の中を進み、アクションソードのつもりだったものさしを手に持ちました。すると、ものさしが金の矛に変身しました。これが伝説の金の矛・キンキンでした。

しんのすけは、不意打ちでダークに金の矛で切りつけます。その結果ダークの体は真っ二つに…なりましたが、なんとダークが2体に分裂して襲いかかってくるのです。金の矛も銀の盾も道具に過ぎず、使う人次第でどうにでもなるらしいですが…2体となったダークに対して5歳のしんのすけでは、さすがに苦戦は免れません。やがてダークが優勢となり、しんのすけはダークに取り囲まれてしまいました。ダークは分身の術を使い、しんのすけに迫ってきます。何体ものダークが襲いかかってきますが、しんのすけが身をかわしました。すると、分裂した2体のダーク同士がお互いを攻撃し合うような形になってしまい、ついにダークは倒れました。

ダークが消え、ヘンジられた空間が元に戻った後、キンキンとギンギンの力によってマタも元の姿に戻りました。マタもドン・クラーイの住民で、金の矛や銀の盾、そして選ばれし者を見つけられるという銅の鐸とともにドン・クラーイ世界へと帰っていきました。これからはマタがドン・クラーイ世界を守っていくとのことで…。しんのすけは最後に、今回の冒険で出会った人物のイラストを描き、ずっと忘れないようにすると決意の言葉を述べ、エンディングへと移っていきます。

エンディングは、中央にスタッフロールが流れます。そして四隅に、野原一家と小島よしお、そしてDJ OZMAの二頭身キャラが登場して踊るといった感じでした（作品時間1時間33分）。