迫り来るサード・インパクトにより滅亡するであろう人類を存続させるという名目で、秘密組織ゼーレが裏死海文書を元に実行した人類救済計画に見せかけた人類滅亡計画。ゼーレの思惑としては、一旦人類という種をリセットしてしまうことが目的だったらしい。しかしその実は、特務機関ネルフの総司令・碇ゲンドウが、死んだ奥さんに会いたいが為に進行した超公私混同な大計画。
実行方法は、ヒトの持つＡＴフィールドを中和し、すべての人間をシンクロ率４００％のＬＣＬ液状態にしてしまう液状生物都市。
結果的には奥さんへの再会を果たしたゲンドウの勝ち。決まり手は 「すまなかったなシンジ」。

俺的には、補完されることを拒み個であることを選んだアンハッピーエンド（だと俺は思う）の映画版よりも、幸せ（ってのも完全に主観に基づくもので〜てな事を言い始めるとスゲエ行数になるので止めとくね）に補完されたＴＶ版の方が断然イイんだがなあ。確かに物理的な補完の方法＆過程が描かれるのは悪くないけども、補完計画そのものが 「精神の補完」 目的なんだから、やはりＴＶ版の方がよっぽど 「本編」 だと思うんだが。
まあ、なんのかんの言っても、まだ１度しか劇場版見てないのでなんとも（笑）。
それと、ずっと言ってるけど、ＴＶ版最終回の学園編は余計。いらない。　(/2001)